Высший совет является высшим коллегиальным органом управления НО «ЦФБП РС (Я)». Основной функцией Высшего совета является обеспечение соблюдения НО «ЦФБП РС (Я)» целей, в интересах которых он создан.
Состав Высшего совета определяется и утверждается Главой Республики Саха (Якутия) на срок — 3 года.
Высший совет НО «ЦФБП РС (Я)» утвержден Распоряжением Главы Республики Саха (Якутия) от 3 февраля 2022 г. N 39-РГ (в ред. от 25.04.2023) в следующем составе:

Заместитель председателя Правительства
Республики Саха(Якутия),
председатель Высшего совета

Министр строительства Республики Саха (Якутии), заместитель председателя Высшего совета

Заместитель министра имущественных и земельных отношений
Республики Саха (Якутия)

Заместитель министра финансов Республики Саха (Якутия)

Заместитель министра экономики Республики Саха (Якутия)

Генеральный директор некоммерческой организации «Целевой фонд будущих поколений Республики Саха (Якутия)» (по согласованию)

Заместитель генерального директора акционерного общества
«Венчурная компания «Якутия»
(по согласованию)

заместитель начальника отдела по работе с органами государственной власти Республики Саха (Якутия) АК «АЛРОСА» (ПАО) (по согласованию)